КОЛИЧЕСТВЕННЫЙ АНАЛИЗ 3’–5’-ЭКЗОНУКЛЕАЗНОЙ РЕАКЦИИ АПУРИНОВОЙ/АПИРИМИДИНОВОЙ ЭНДОНУКЛЕАЗЫ 1 ЧЕЛОВЕКА С ДНК, СОДЕРЖАЩИМИ В ОДНОЦЕПОЧЕЧНОМ РАЗРЫВЕ ПРИРОДНЫЕ dYMP ИЛИ ИХ МОДИФИЦИРОВАННЫЕ АНАЛОГИ

^#Тел.: (383) 3309296; факс: (383) 3333677, e-mail: [email protected]

Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН, 630090, Новосибирск, просп. Акад. Лаврентьева, 8

Поступила в редакцию 29.03.2007 г. Принята к печати 02.05.2007 г.

Апуриновая/апиримидиновая (АР) эндонуклеаза 1 человека (АРЕ1) – полифункциональный фермент, который помимо основной активности, расщепляющей ДНК с 5'-стороны от АР-сайта, обладает другими более слабо выраженными активностями. Среди них – 3'–5'-экзонуклеазная, которая проявляется более эффективно на ДНК-дуплексах, содержащих на 3'-конце праймерной цепи модифицированные или неправильно спаренные нуклеотиды. Существует предположение, что за счет своей экзонуклеазной активности АРЕ1 может быть корректором синтеза ДНК, катализируемого ДНК-полимеразой β, в ходе эксцизионной репарации оснований ДНК. Для понимания детального механизма этого процесса изучены количественные характеристики 3'–5'-экзонуклеазной реакции в зависимости от условий ее проведения. Определены кинетические параметры экзонуклеазного выщепления остатков dCMP и dTMP с помощью АРЕ1 из неканонической пары на 3'-конце одноцепочечного разрыва в ДНК. Аналогичные характеристики получены для фотоактивируемых аналогов dCMP, применяемых для фотоаффинной модификации белков и ДНК в реконструированных системах и клеточных/ядерных экстрактах.

Ключевые слова: ДНК, репарация, эндонуклеаза, апуриновая/апиримидиновая, 3'–5'-экзонуклеазная активность, dYTP, фотоактивируемые аналоги.

Биоорг.химия 2008, 34(2): 210-219