МОДЕЛИРОВАНИЕ СУБСТРАТНОГО И ИНГИБИТОРНОГО КОМПЛЕКСОВ ГИСТИДИН-АСПАРТАТНОЙ ПРОТЕИНАЗЫ

^#Тел.: (495) 336-28-11, e-mail: [email protected]

*Институт биоорганической химии им. акад. М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова РАН, 117997 ГСП, Москва, В-437, ул. Миклухо-Маклая, 16/10;
**Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН, Москва

Поступила в редакцию 23.08.2007 г. Принята к печати 08.12.2007 г.

Путем гомологичного моделирования и последующего уравновешивания методом молекулярной динамики построена трехмерная структура гистидин-аспартатной протеиназы (HAP), пепсиноподобного фермента из возбудителя малярии Plasmodium falciparum. Наличие в каталитическом центре остатка His вместо обычного для пепсиноподобных ферментов остатка Asp и замена других консервативных остатков в структуре активного центра создают условия для возможного функционирования фермента по ковалентному механизму, характерному для сериновых протеиназ. Обсуждаются детали строения комплексов HAP с нековалентным ингибитором аспартатных протеиназ пепстатином, ковалентным ингибитором сериновых протеиназ фенилметилсульфонилфторидом, а также c пентапептидным субстратом.

Ключевые слова: гистидин-аспартатная протеиназа, пепсиноподобные ферменты, каталитический механизм, гомологичное моделирование, молекулярная динамика.

Биоорг.химия 2008, 34(3): 422-429