МОЛЕКУЛЯРНОЕ ОКРУЖЕНИЕ СУБДОМЕНА IIId IRES-ЭЛЕМЕНТА РНК ВИРУСА ГЕПАТИТА С НА 40S СУБЧАСТИЦЕ РИБОСОМЫ ЧЕЛОВЕКА

© 2009 г. Е. С. Бабайлова*, Д. М. Грайфер*, А. А. Малыгин*, И. Н. Шатский**, И. Шталь***, Г. Г. Карпова*^#

^#Тел.: (383) 335-62-29; e-mail: [email protected]

*Институт химической биологии и фундаментальной медицины CО РАН, 630090, Новосибирск, просп. Акад. Лаврентьева, 8;
**Научно-исследовательский институт физико-химической биологии им. А.Н. Белозерского Московского государственного университета им. М.В. Ломоносова, Москва;
***Макс-Дельбрюк-Центр молекулярной медицины (МДЦ), Берлин-Бух, Берлин, Германия

Поступила в редакцию 06.05.2008 г. Принята к печати 03.06.2008 г.

Изучено молекулярное окружение ключевого субдомена IIId внутреннего рибосомного сайта посадки (IRES-элемента) в РНК вируса гепатита С (HCV) в бинарном комплексе с 40S субчастицей рибосомы человека. Для этой цели использованы производные IRES-элементов HCV, несущие активируемые мягким УФ-светом перфторфенилазидогруппы на нуклеотиде G263 или A275 в стебле субдомена IIId, полученные с помощью комплементарно-адресованной модификации соответствующего РНК-транскрипта алкилирующими производными олигодезоксинуклеотидов. Показано, что ни одно из производных РНК не образует сшивок с 18S рРНК. Установлено, что фотоактивируемые группы на нуклеотидах G263 и A275 IRES-элемента сшиваются с рибосомными белками S3a, S14 и S16. В случае производного IRES с фотоактивируемой группой на нуклеотиде G263 белки S14 и S16 модифицировались в большей степени, чем S3a, тогда как производное с аналогичной группой на нуклеотиде А275 сшивалось преимущественно с белками S3a и S14. Анализ полученных данных позволил сделать вывод о том, что в бинарном комплексе IRES-элементов HCV с малой субчастицей 80S рибосомы стебель его субдомена IIId расположен на внешней стороне субчастицы между головой и телом в стороне от «клюва», вблизи участка выхода мРНК из рибосомы.

Ключевые слова: 80S рибосома; вирус гепатита С; IRES-элемент; фотоаффинное сшивание; рибосомные белки.