СИКВЕНС-СПЕЦИФИЧЕСКОЕ ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ ПИРИМИДИНОВЫХ ОЛИГОНУКЛЕОТИДОВ С ДВУЦЕПОЧЕЧНОЙ ДНК ПРИ КИСЛЫХ ЗНАЧЕНИЯХ рH, РАЗЛИЧНЫЕ ТИПЫ КОМПЛЕКСОВ

© 2009 г. Е. Б. Бросалина*, Е. Н. Демченко*^#, Ю. Н. Демченко**, В. В. Власов**

^#Тел.: (383) 333-56-42; e-mail: [email protected]

*ГУ Институт клинической иммунологии СО РАМН, 630099, Новосибирск, ул. Ядринцевская, 14;
**Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН, Новосибирск

Поступила в редакцию 16.01.2009 г. Принята к печати 14.04.2009 г.

Изучено взаимодействие пиримидиновых олигонуклеотидов OLN₁₅ и OLN₆ и их алкилирующих производных, несущих 4-(3-аминопропил)-N-метил, N-2-хлорэтил-анилиновые остатки (RCl) на 5'-концевом фосфате с фрагментом гена человеческого γ-интерферона. При проведении реакции в 150 мМ NaCl при pH 5.4 степень алкилирования двуцепочечной ДНК (дцДНК) составляла 60% для RCl-OLN₁₅ и 10% для RCl-OLN₆; при pH 4.0 в 150 мМ NaCl, 10 мМ MgCl₂ степень модификации дцДНК была 100% для RCl-OLN₆ и 50% для RCl-OLN₁₅. С помощью неденатурирующего электрофореза показано, что при pH 4.0 в присутствии ионов магния OLN₁₅ способен образовывать с дцДНК два типа комплексов, один из которых стабилен при pH 5.4 в 10 мМ Mg(OAc)₂, а второй – нет. Обнаружено, что алкилирование протекает эффективно только в составе комплекса, стабильного в 10 мМ Mg(OAc)₂, pH 5.4.

Ключевые слова: алкилирующие производные олигонуклеотидов; триплексы; параллельные дуплексы.