ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЬ РНК ОПРЕДЕЛЯЕТ СКОРОСТЬ ЕЕ РАСЩЕПЛЕНИЯ ИСКУССТВЕННЫМИ РИБОНУКЛЕАЗАМИ

© 2010 г. Н. В. Тамкович, А. Н. Зенков, В. В. Власов, М. А. Зенкова^#

^#Тел.: (383) 333-37-61; факс: (383) 333-36-77; e-mail: [email protected]

Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН, 630090, Новосибирск, просп. им. акад. Лаврентьева, 8

Поступила в редакцию 26.05.2009 г. Принята к печати 19.08.2009 г.

Фосфодиэфирные связи в РНК, расположенные между одинаковыми нуклеотидами, но в разных последовательностях (контексте), расщепляются под действием искусственных и природных рибонуклеаз с разной скоростью, причем причина этого явления до конца не выяснена. В настоящей работе впервые изучено влияние однонуклеотидных замен на чувствительность к расщеплению фосфодиэфирных связей в линейных и структурированных РНК с гомологичными последовательностями. Показано, что введение однонуклеотидной замены в последовательность РНК существенным образом (до 10 раз) меняет скорость расщепления искусственными рибонуклеазами связей, отстоящих от точки замены не только на 1–3, но и на 6–8 нт. Наблюдаемые закономерности могут быть объяснены тем, что введение однонуклеотидной замены существенным образом меняет стэкинг-взаимодействия и сеть водородных связей в молекуле РНК. Прикладная ценность данной работы заключается в возможности использования низкомолекулярных искусственных рибонуклеаз с целью выбора участка связывания олигонуклеотида при создании конъюгата для сайт-направленного разрезания РНК, поскольку выбор легко подвергающейся расщеплению фосфодиэфирной связи (мотива) в значительной степени определяет эффективность искусственных рибонуклеаз направленного действия.

Ключевые слова: РНК, расщепление; искусственные рибонуклеазы, избирательность к последовательности РНК.

Биоорг.химия 2010, 36 (2): 223-235