ГИБРИДИЗАЦИОННЫЙ АНАЛИЗ НУКЛЕИНОВЫХ КИСЛОТ С ПОМОЩЬЮ ОЛИГОНУКЛЕОТИДНЫХ ПРОИЗВОДНЫХ. I. КОВАЛЕНТНАЯ ИММОБИЛИЗАЦИЯ ОЛИГОНУКЛЕОТИДНЫХ ЗОНДОВ НА КАПРОНЕ

^#Тел.: (383) 363-51-51; e-mail: [email protected]

*Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН, 630090, Новосибирск, просп. акад. Лаврентьева, 8;
**Новосибирский государственный университет, Новосибирск

Поступила в редакцию 12.02.2010 г. Принята к печати 13.02.2010 г.

Исследованы особенности УФ-индуцированной иммобилизации олигонуклеотидных зондов на капроновой мембране и эффективность их ферментзависимого мечения при гетерофазном выявлении специфических последовательностей ДНК. Предложено в качестве зондов, иммобилизуемых на капроне-6, использовать олигонуклеотиды, несущие короткий концевой олиготимидилатный фрагмент (до 10 нт), введенный через гибкий линкер на основе фосфодиэфира диэтиленгликоля. Наличие такого фрагмента обеспечивает повышение интенсивности иммобилизации и способствует снижению УФ-зависимой деградации адресной (сиквенс-специфической) части зонда за счет уменьшения дозы облучения, необходимой для иммобилизации ДНК. Определена оптимальная доза УФ-облучения (~0.4 Дж/см², 254 нм), обеспечивающая высокую эффективность гетерофазного гибридизационного анализа нуклеиновых кислот с использованием набора олигонуклеотидных зондов с различным нуклеотидным составом их сиквенс-специфической части. Установлено, что ключевую роль в фотоинициируемой фиксации нуклеотидного материала на капроне играют амидные группировки полимера, в то время как первичные аминогруппы в структуре полиамида не являются центрами, ответственными за ковалентное связывание ДНК под действием УФ-облучения, как это считалось ранее. Показано, что введение различных добавок в пропитывающий мембрану раствор в процессе УФ-зависимой иммобилизации зондов в значительной степени может повлиять на ее эффективность. Показано, что использование альтернативных УФ-облучению систем генерации радикалов также может обеспечивать иммобилизацию олигонуклеотидов на капроне.

Ключевые слова: ДНК, УФ-иммобилизация, гибридизационный анализ, капроновая мембрана.