ПОВЕРХНОСТНЫЕ СТРУКТУРЫ ОЛИГОГЛИЦИНОВ: МОЛЕКУЛЯРНО-ДИНАМИЧЕСКОЕ МОДЕЛИРОВАНИЕ

© 2010 г. О. А. Гуськова*^,2*#, П. Г. Халатур*^,2*,3*, А. Р. Хохлов*^,2*,4*, А. А. Чинарев^5*, С. В. Цыганкова^5*, Н. В. Бовин^5*

^#Тел.: (499) 783-32-73; e-mail: [email protected]

*Институт элементоорганических соединений им. А.Н. Несмеянова РАН, 119991, Москва, В-334, ул. Вавилова, 28;
^2*Ulm University A, Einstein Allee, 47, D-89081, Ulm, Germany;
^3*Тверской государственный университет;
^4*Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова, Москва;
^5*Институт биоорганической химии им. акад. М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова РАН, Москва

Поступила в редакцию 13.10.2009 г. Принята к печати 22.04.2010 г.

Представлены результаты атомистического молекулярно-динамического (МД) моделирования адсорбции молекул диантенного олигоглицина [H-Gly₄-NH(CH₂)₅]₂ на поверхности графита и слюды. Проанализирована структура полученных адсорбционных слоев. Мотивы вторичной структуры пептидных блоков исследованы методами STRIDE (structural identification) и DSSP (dictionary of secondary structure of proteins). Результаты анализа подтверждают возможность формирования структуры полиглицин-II (PGII) в монослоях диантенных олигоглицинов (ДАОГ) на поверхности графита, ранее предполагавшейся на основе данных атомно-силовой микроскопии.

Ключевые слова: компьютерное моделирование, метод молекулярной динамики, пептиды, полиглицин-II.