Обзорная статья

АФФИННАЯ МОДИФИКАЦИЯ В ПРОТЕОМНОМ ИССЛЕДОВАНИИ АНСАМБЛЕЙ РЕПАРАЦИИ ДНК

© 2011 г. С. Н. Ходырева, О. И. Лаврик^#

^#Тел.: (383) 363-51-95; e-mail: [email protected]

Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН, 630090, Новосибирск, просп. акад. Лаврентьева, 8

Поступила в редакцию 13.08.2010. Принята к печати 27.08.2010 г.

Обзор посвящен применению метода аффинной модификации как составной части современного протеомного подхода в поиске и идентификации белков ансамблей репарации ДНК. Аффинная модификация базируется на формировании специфического нековалентного комплекса между мишенью-биополимером и реагентом (реакционноспособным аналогом биополимера или лиганда) с последующим образованием ковалентной связи между реагентом и связывающим ее центром мишени, что обеспечивает специфичность метода. Этот подход наиболее широко и эффективно применяется в исследовании структурно-функциональных аспектов взаимодействия белков с нуклеиновыми кислотами. При создании реакционноспособных ДНК-зондов, помимо химически активных групп и элементов, обеспечивающих специфическое узнавание ДНК белками, в структуру реагента можно вводить группы, облегчающие последующее аффинное выделение продуктов сшивки ДНК–белок. В обзоре рассмотрены недавние примеры использования аффинных реакционноспособных ДНК-зондов в сочетании с масс-спектрометрическими и иммунологическими методами для поиска и идентификации в клеточных экстрактах белков, взаимодействующих с апуриновыми/апиримидиновыми сайтами, а также белков, узнающих различные типы сшивок в ДНК, образованных цисплатином.

Ключевые слова: ДНК, аффинная модификация; ДНК, содержащие апуриновые/апиримидиновые сайты; фотоактивируемые ДНК, содержащие производные цисплатина; белково-нуклеиновые взаимодействия; масс-спектрометрия.