ВЫБОР ДОПУСТИМОЙ ПОГРЕШНОСТИ ОПРЕДЕЛЕНИЯ МАССЫ ПЕПТИДА ПРИ ИДЕНТИФИКАЦИИ БЕЛКОВ МЕТОДОМ ПЕПТИДНОГО КАРТИРОВАНИЯ

© 2011 г. А. Л. Чернобровкин*^#, О. П. Трифонова**, Н. А. Петушкова*, Е. А. Пономаренко*^,***, А. В. Лисица*

^#Тел.: (495) 246-37-31; e-mail: [email protected]

*Учреждение РАМН Научно-исследовательский институт биомедицинской химии им. В.Н. Ореховича РАМН, 119121, Москва, ул. Погодинская, д. 10;
**Институт медико-биологических проблем РАН, Москва;
***Научно-исследовательская компания «Криптом»

Поступила в редакцию 16.08.2010 г. Принята к печати 27.08.2010 г.

Идентификация белков методом пептидного картирования (PMF-peptide mass fingerprint) широко применяется в протеомных исследованиях, выполняемых с использованием времяпролетного масс-спектрометра и одномерного или двумерного электрофореза. Одним из параметров, существенно влияющим на результаты идентификации, является допуск на расхождение между теоретической и экспериментальной массой пептида (peptide mass tolerance). Влияние указанного параметра можно оценить путем подсчета количества достоверно идентифицированных белков для референсного набора масс-спектров. В данной работе в качестве референсного набора использовали 400 масс-спектров пептидных фрагментов, полученных в результате гидролиза срезов одномерного гель-электрофореза микросомной фракции печени с последующим проведением измерения на времяпролетном масс-спектрометре Ultraflex (Bruker Daltonics, Германия). При идентификации в программе Mascot допуск на расхождение между теоретической и экспериментальной массой пептида варьировали в диапазоне от 0.02 до 0.40 Да с шагом 0.01 Да. В зависимости от значения параметра количество идентифицированных белков менялось более, чем в 10 раз. Наибольшее количество белков было идентифицировано при значении параметра, равном 0.15 Да (120 м.д.), что в 1.5–2 раза превышает рекомендуемые значения допуска для данного типа масс-спектрометров. В результате работы была создана программа PMFScan, позволяющая строить зависимость количества идентифицированных белков от значения допуска.

Ключевые слова: белки, масс-спектрометрическая идентификация; пептидное картирование; гель-электрофорез.