Обзорная статья

PROTEIN STRUCTURE DISCOVERY: ПАКЕТ ПРОГРАММ ДЛЯ РЕШЕНИЯ ЗАДАЧ КОМПЬЮТЕРНОЙ ПРОТЕОМИКИ

© 2011 г. В. А. Иванисенко*^#, П. С. Деменков**, Т. В. Иванисенко*, Н. А. Колчанов*

^#Тел.: (383) 363-49-24; факс: (383) 333-12-78; e-mail: [email protected]

*Институт цитологии и генетики СО РАН, 630090, Новосибирск, просп. акад. Лаврентьева, 10;
**Институт математики им. С.Л. Соболева СО РАН, 630090, Новосибирск, просп. акад. Коптюга, 4

Поступила в редакцию 05.08.2010 г. Принята к печати 09.08.2010 г.

Разработана программно-информационная система Protein Structure Discovery, предназначенная для решения широкого круга задач компьютерной протеомики, включая предсказание функции, структуры и иммунологических свойств белков. Специально созданный раздел системы позволяет количественно и качественно оценивать эффекты мутаций на структурные и функциональные свойства белков. Всего в систему интегрировано 19 различных программ, в том числе база данных функциональных сайтов в пространственных структурах белков PDBSiteScan и программа количественного анализа взаимосвязи структура–активность белков WebProAnalyst. Protein Structure Discovery имеет Web-интерфейс и доступна пользователям через Интернет (http://samurai.bionet.nsc.ru/~demps/psd.php/). На примере сайтов связывания иона цинка и ADP показана высокая устойчивость метода PDBSiteScan к ошибкам реконструкции пространственных структур белков при распознавании функциональных сайтов в модельных структурах.

Ключевые слова: компьютерная протеомика; интегрированный пакет программ Protein Structure Discovery; белки, предсказание функции, структуры и иммунологических свойств; функциональные сайты.