ГИБРИДИЗАЦИОННЫЙ АНАЛИЗ НУКЛЕИНОВЫХ КИСЛОТ С ПОМОЩЬЮ ОЛИГОНУКЛЕОТИДНЫХ ПРОИЗВОДНЫХ. III. СИНТЕЗ И ИССЛЕДОВАНИЕ СВОЙСТВ ОЛИГОНУКЛЕОТИДОВ, НЕСУЩИХ БИФУНКЦИОНAЛЬНУЮ НЕНУКЛЕОТИДНУЮ ВСТАВКУ

^#Тел.: (383) 363-51-51; e-mail: [email protected]

Учреждение Российской академии наук Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН, 630090, Новосибирск, просп. Академика Лаврентьева, 8

Поступила в редакцию: 19.12.2011 г.Принята к печати: 20.01.2012 г.

Синтезированы ненуклеотидныe амидофосфиты, обладающие разветвленным каркасом с различным расположением функциональных групп. Полученные амидофосфитные мономеры содержат остаток интеркалятора – 6-хлор-2-метоксиакридина, и гидроксильную группу, блокированную дополнительной диметокситритильным остатком, либо трет-бутилдиметилсилильной защитой для постсинтетической модификации. Синтезированы олиготимидилаты, содержащие одно или несколько модифицированных звеньев в различных положениях последовательности. Определены температуры плавления и термодинамические параметры (изменение энтальпии и энтропии) формирования комплементарных комплексов, образованных модифицированными олигонуклеотидами. Продемонстрировано, что введение звена, содержащего интеркалирующий остаток, вызывает значительную стабилизацию ДНК-дуплексов. Показано, что эффективность флуоресценции остатка акридинового производного в составе олигонуклеотидного конъюгата значительно изменяется при его комплексообразовании с ДНК.

Ключевые слова: разветвленные ДНК; ненуклеотидная вставка; модифицированные олигонуклеотиды; флуоресцентные зонды; термическая стабильность.

Биоорг.химия 2012, 38 (6): 706-720