ОСОБЕННОСТИ ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ АДЕНИН-ДНК-ГЛИКОЗИЛАЗЫ MutY ИЗ E. coli С ДНК-СУБСТРАТАМИ¹

© 2017 г. Т. Е. Тюгашев, А. А. Кузнецова, Н. А. Кузнецов^#, О. С. Федорова^#

^#Тел.: +7 (383) 363-51-75; факс: +7 (383) 363-51-53; эл. почта: [email protected], [email protected]

Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН, 630090, Новосибирск, просп. акад. Лаврентьева, 8

Новосибирский государственный университет, 630090, Новосибирск, ул. Пирогова, 2

Поступила в редакцию 15.06.2016 г. Принята к печати 29.06.2016 г.

Исследованы кинетические особенности специфического узнавания поврежденных пар нуклеотидов ферментом аденин-ДНК-гликозилазой MutY в модельных ДНК-субстратах, содержащих в центральном положении oxoG/A-, G/A-, oxoG/C- и F/G-пары. Конформационные изменения фермента MutY в процессе узнавания поврежденной пары оснований в ДНК были зарегистрированы по изменению интенсивности флуоресценции остатков триптофана методом “остановленной струи” в режиме реального времени. Для регистрации конформационных изменений ДНК использовали ДНК-дуплексы, содержащие остаток флуоресцеина. Анализ кинетических кривых позволил определить значения констант скорости кинетических стадий взаимодействия. Показано, что на первой стадии происходит образование неспецифических контактов между ДНК-связывающим центром фермента и ДНК-дуплексом. Обнаружено, что дискриминация оснований Gua и oxoGua происходит на второй стадии взаимодействия MutY с ДНК-дуплексом. Данные, полученные для oxoG/C-субстрата, показали, что на второй стадии также происходит узнавание основания, расположенного напротив oxoGua.

Ключевые слова: аденин-ДНК-гликозилаза, специфичность, конформационные изменения, предстационарная кинетика.

____________________

¹ Статья публикуется по материалам сообщения, представленного на конференции “Химическая биология-2016”; г. Новосибирск, 24–29 июля 2016 г.

Биоорг. химия 2017, 43 (1): 18-28