КОРРЕЛИРОВАННЫЙ ПОИСК МИШЕНЕЙ УРАЦИЛ-ДНК-ГЛИКОЗИЛАЗОЙ В ПРИСУТСТВИИ ОБЪЕМНЫХ АДДУКТОВ И ДНК-СВЯЗЫВАЮЩИХ ЛИГАНДОВ¹

© 2017 г. Г. В. Мечетин*, Е. А. Дятлова*, А. Н. Синяков*, В. А. Рябинин*, П. Е. Воробьев*^, **, Д. О. Жарков*^, **^{, #}

^#Тел.: +7 (383) 363-51-87; факс +7 (383) 363-51-53; эл. почта: [email protected]

*Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН, 630090, Новосибирск, просп. акад. Лаврентьева, 8
**Новосибирский государственный университет, 630090, Новосибирск, ул. Пирогова, 2

Поступила в редакцию 15.06.2016 г. Принята к печати 08.07.2016 г.

Многие белки, узнающие редко встречающиеся мишени в ДНК (транскрипционные факторы, рестриктазы, ферменты репарации), ищут их при помощи одномерной диффузии по контуру ДНК. К числу таких белков относится урацил-ДНК-гликозилаза (Ung), удаляющая из ДНК основания урацила – продукты гидролитического дезаминирования цитозина. В работе исследована способность Ung к транслокации по ДНК в присутствии объемных ковалентных аддуктов (остатка флуоресцеина) или лигандов, блокирующих большую или малую бороздку ДНК. Показано, что остаток флуоресцеина достаточно сильно блокирует транслокацию по двуцепочечной ДНК, в то время как нековалентно связанные лиганды могут ингибировать реакцию расщепления ДНК, но слабо влияют на транслокацию. Способность урацил-ДНК-гликозилазы вести поиск мишеней в присутствии молекул, конкурирующих за связывание с ДНК, может иметь большое значение для эффективного протекания репарации ДНК в условиях клетки.

Ключевые слова: урацил-ДНК-гликозилаза, поиск мишеней в ДНК, ковалентные аддукты с ДНК, малобороздочные лиганды, триплексобразующие олигонуклеотиды.

___________________

¹ Статья публикуется по материалам сообщения, представленного на конференции “Химическая биология-2016”; г. Новосибирск, 24–29 июля 2016 г.

Биоорг. химия 2017, 43 (1): 29-34