MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION STUDY OF BINDING AFFINITY OF THIENO[2,3-b]BENZO[1,8]NAPHTHYRIDINE DERIVATIVES TO DNA¹

© 2017 Mohsen Sargolzaei*^{, #}, Mahdi Afshar**, and Hossein Nikoofard*

^#E-mail: [email protected]

*Department of Chemistry, Shahrood University of Technology, Shahrood, Iran;
**Materials Simulation Laboratory, Department of Physics, Iran University of Science and Technology, Narmak, Tehran, 16345 Iran

Поступила в редакцию 12.12.2016 г. Принята к печати 20.02.2017 г.

DOI: 10.7868/S0132342317040066

Молекулярно-динамическое моделирование связывания производных тиено[2,3-b]бензо[1,8]нафтиридина с ДНК. Изучение связывания молекул лекарственных препаратов с ДНК дает важную информацию для синтеза новых лекарств. Методами молекулярного докинга и молекулярно-динамического моделирования изучено связывание производных тиено[2,3-b]бензо[1,8]нафтиридина с ДНК. Результаты докинга показывают, что в случае стерических затруднений молекулы этих производных предпочитают располагаться в бороздках ДНК. В отсутствие пространственных затруднений молекулы интеркалируют между парами оснований Г–Ц и А–Т. Проведен анализ зарядов ограниченного электростатического потенциала (ОЭСП), среднеквадратичных отклонений (СКО) и полных потенциалов. Значения СКО и полных потенциалов показали, что все модели были стабильны в рамках MMGBSA анализа. Сродство к связыванию лекарственных препаратов было оценено методом MMGBSA. Термодинамический анализ показал, что сродство молекул, связывающихся с бороздками ДНК, ниже, чем сродство интеркалирующих препаратов. Была обнаружена линейная зависимость между зарядами в методе ОЭСП и предсказанными значениями ΔG. Результаты показывают, что наибольшим сродством обладают молекулы с заместителями –OCH₃ и –CH₃.

Ключевые слова: молекулярная динамика, молекулярный докинг, ДНК тимуса теленка, свободная энергия связывания Гиббса.

Биоорг. химия 2017, 43 (4): 412-412

_________________________

¹Полный текст статьи печатается в английской версии журнала.