ПРЕДСКАЗАНИЕ ЛИГАНДОВ ЦИТОХРОМОВ p450 ПОДСЕМЕЙСТВА CYP9e МУРАВЬЕВ, С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ ОНТОЛОГИЙ ChEBI ХИМИЧЕСКИХ И БИОЛОГИЧЕСКИХ ХАРАКТЕРИСТИК

^#Тел.: +7 (985) 153-31-88, эл. почта: [email protected]

*Институт общей генетики им. П.И. Вавилова Российской академии наук, 119991, Москва, ул. Губкина, 3;
**Кафедра биологической эволюции биологического факультета Московского государственного университета им. М.В. Ломоносова, Москва;
***Московский физико-технический институт (государственный университет), г. Долгопрудный

Поступила в редакцию 02.11.2017 г. Принята к печати 26.02.2018 г.

DOI: 10.1134/S013234231805007X

Цитохромы p450 участвуют в метаболизме различных эндо- и экзогенных соединений, широко изучена их роль в детоксикации ксенобиотиков. У черного садового муравья Lasius niger амплифицировано одно из подсемейств цитохромов p450 — CYP9e, чьи функции мало изучены. Нами были произведены молекулярное моделирование 23 белков данного семейства, принадлежащих L. niger и другим видам муравьев, а также молекулярный докинг и виртуальный скрининг предположительных лигандов. Вещества, использовавшиеся как лиганды, были проаннотированы с помощью онтологий ChEBI, чтобы предсказать химические и биологические свойства молекул, образующих комплексы с CYP9e муравьев. Было показано, что среди лигандов, образующих энергетически выгодные комплексы, перепредставлены онтологии ChEBI микотоксинов, фитотоксинов, стероидов, гликозидов и терпеноидов. Продемонстрировано, что при проведении большого числа неточных симуляций тем не менее можно соотнести результаты предсказаний функции с помощью молекулярного докинга и эволюционной истории семейства белков.

Ключевые слова: цитохромы p450, виртуальный скрининг, Lasius niger, онтологии ChEBI.

Биоорг. химия 2018, 44 (5): 514-521