УСТРАНЕНИЕ МУЛЬТИМЕРИЗАЦИИ ДНК, ВОЗНИКАЮЩЕЙ ПРИ ИЗОТЕРМИЧЕСКОЙ АМПЛИФИКАЦИИ В ПРИСУТСТВИИ ДНК-ПОЛИМЕРАЗЫ BST EXO-

^#Тел.: +7 (347) 235-60-88; факс: +7 (347) 235-60-88; эл. почта: [email protected]

*Институт биохимии и генетики УФИЦ РАН, Россия, 450054, Уфа, просп. Октября, 71;
**Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН, Россия, 630090, Новосибирск, Новосибирская обл., пр. Академика Лаврентьева, 8

Поступила в редакцию 02.08.2019 г. После доработки 06.09.2019 г. Принята к публикации 10.09.2019 г.

DOI: 10.31857/S0132342320010091

В последние годы все большее распространение для обнаружения специфических нуклеотидных последовательностей приобретают методы изотермической амплификации нуклеиновых кислот, которые требуют использования полимераз с цепь-вытесняющей активностью. Среди подобных полимераз наиболее популярной является Bst exo-, однако она склонна к неспецифической амплификации – мультимеризации, приводящей к образованию продуктов, состоящих из тандемных нуклеотидных последовательностей. В данной работе оценена эффективность протекания мультимеризации в зависимости от условий проведения амплификации и предложены способы ее устранения. Обнаружено, что максимальная эффективность мультимеризации характерна для полимеразы Bst 2.0 в буфере Isothermal, а Bst-подобная полимераза Gss обеспечивает образование продуктов мультимеризации только в буфере Isothermal и на поздних этапах реакции. Оптимальным способом устранения мультимеризации является использование: полимеразы Gss с буфером Thermopol, или полимеразы Bst LF с буфером Isothermal II, или полимеразы Bst 3.0 с буфером Thermopol, или полимеразы Bst 3.0 с буфером Isothermal и ионами Mn2+ в качестве кофактора. В перечисленных случаях возможна специфическая амплификация исследуемой ДНК-мишени и получение достоверного результата амплификации.

Ключевые слова: ДНК-полимераза Bst exo-, амплификация “катящимся кольцом” (АКК), мультимеризация, ДНК-полимераза Gss, специфичность

Биоорг. химия 2020, 46 (1): 56-64